La nueva historia cuenta los heroicos esfuerzos de la agencia cripto-zoológica Monarch mientras sus miembros se enfrentan a una batería de monstruos del tamaño de dioses, entre los que están el poderoso Godzilla, que choca con Mothra, Rodan y su máximo enemigo, Ghidorah, el rey de tres cabezas. Cuando estas antiguas súper especies -que se creía que eran solo mitos- vuelven a surgir, todas luchan por la supremacía, dejando al borde del abismo la existencia de la humanidad