¡El Yo-kai Watch ha desaparecido! ¡Desesperados por recuperarlo, Nathan y sus amigos siguen una pista que les conducirá a un lugar inesperado: el pasado!

Una noche, mientras Nathan duerme, su Yo-kai Watch se ilumina de repente y desaparece de su muñeca. Y, por si fuera poco, aparece un Yo-kai gato gigante llamado Dekanyan y le pide ayuda para salvar a sus amigos porque si no lo hace "ellos" se apoderarán del mundo. Así pues, Nathan viaja al pueblo de Kemamoto, donde vive su abuela, en busca de pistas que le ayuden a aclarar la situación. Allí tiene la oportunidad de conocer al Yo-kai Fuyunyan, quien parece poseer la clave acerca de la desaparición del Yo-kai Watch.

Ha llegado el momento de que Nathan, Whisper, Jibanyan y Fuyunyan viajen 60 años en el pasado para recuperar su valioso reloj. Pero ¿quién es el temible enemigo que les espera allí? ¿Y en qué se ha convertido exactamente el reloj?