Blu, Perla y sus tres hijos están viviendo lo que parece ser la vida perfecta en la ciudad mágica que le da nombre.

Sin embargo Perla piensa que los niños tienen que aprender a vivir como pájaros de verdad, como pájaros salvajes, por lo que la familia se verá obligada a trasladarse al Amazonas donde Blu, aparte de tener que adaptarse a sus nuevos vecinos, tendrá que lidiar con el miedo por perder a su familia ante la llamada de la madre naturaleza.