La delincuencia y el miedo se van extendiendo por las calles. Shredder y su malvado Clan del Pie han ido apoderándose con mano de hierro de todo, desde la policía hasta los políticos. El futuro pinta sombrío, hasta que cuatro hermanos marginados, supervivientes de un experimento científico que salió mal, salen de las alcantarillas y asumen su destino como supremos justicieros enmascarados. Enfrentándose a los diabólicos planes de Shredder para dominarlo todo, estas Tortugas Ninja están a punto de formar equipo con la intrépida reportera April O'Neil y su irónico cámara Vern Fenwick para salvar a los ciudadanos de Nueva York.