"El árbol de la vida" es un canto a la vida. Busca respuestas a las preguntas más inquietantes, personales y humanas; a través de un caleidoscopio de lo íntimo y lo cósmico, que va de las emociones más descarnadas de una familia de un pequeño pueblo de Texas a los límites infinitos del espacio y del tiempo, de la pérdida de la inocencia de un niño a los encuentros transformadores de un hombre; y lo hace con sobrecogimiento, asombro y trascendencia a través de una historia impresionista de una familia del medio-Oeste americano en los años cincuenta, que sigue el transcurso vital del hijo mayor, Jack, a través de la inocencia de la infancia hasta la desilusión de sus años de madurez, en su intento de reconciliar la complicada relación con su padre (Brad Pitt).

Jack (como adulto, interpretado por Sean Penn) se siente como un alma perdida en el mundo moderno, en busca de respuestas sobre el origen y significado de la vida, a la vez que cuestiona la existencia de la fe. A través de la imaginería singular de Malick, vemos cómo, al mismo tiempo naturaleza bruta y gracia espiritual construyen no solo nuestras vidas como individuos y familias, sino toda vida existente.